員工領取年金時，其應納稅款由其年金管理機構負責代扣代繳。具體流程爲受託人代表委託人委託賬戶管理人計算，並由託管人進行覈計並代扣代繳。文件依據是《中華人民共和國個人所得稅法（2018修正）》《關於個人所得稅法修改後有關優惠政策銜接問題的通知》（財稅〔2018〕164號）、《關於企業年金職業年金個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2013〕103號）和《關於企業年金業務操作有關問題的通知》（人社監司便函〔2013〕85號）。