1、買賣時間：櫃檯記賬式債券在上市交易後可隨時買賣。而憑證式國債只有在規定的發行期內方可買到。

　　2、流動性：同一支櫃檯記賬式債券可多次買賣，流動性強；同一支憑證式國債只能到商業銀行提前兌取（一次性），不可能再買入。

　　3、保管方式：憑證式國債的憑證由客戶自行保管，易遺失。櫃檯記賬式債券記載在債券賬戶中，交易方便。

　　4、付息方式：記賬式有兩種付息方式：每年付息一次或半年付息一次；憑證式到期按照票面利率還本付息。

　　5、收益水平：憑證式收益率固定，即票面利率；記賬式國債長期持有則收益固定，若進行買賣則可隨價格變動而變動，預期判斷準確者可獲得額外收益。

　　6、風險程度：憑證式利率不變，遇市場利率變動時可能導致相對收益下降；記賬式價格隨市場變化而變化，收益率相應變化，可提前賣出來降低風險。